Delle 90 specie di caffè inventate, meno di 10 sono poi state effettivamente coltivate e solo 2 sono sopravvissute fino al XX secolo: la Coffea arabica e la Coffea canephora. La 1° è nata da un antico incidente cromosomico, che ha quadruplicato la propria sequenza di DNA; questa è l'unica varietà autogoma. I suoi fiori si autfecondano, anche se nel 10-20% dei casi si verifica l'allogamia ovvero l'impollinazione grazie ad insetti.Le altre piante di Coffea non possono invece autofecondarsi, ma scambiano permanentemente i geni col polline, il che le rende più resistenti ai parassiti. Di fronte al brusco aumento dl consumo nel corso del XVIII secolo l'"arabica" si è espansa troppo rapidamente, riducendo la sua base genetica a quasi 0; solamente alcune piante delle 2 varietà "Typica" e "Bourbon pointu" risultarono essere esportate e duplicate in tutto il mondo.
Nel 1706 una singola pianta fu portata da Giava ad Amsterdam e poi, nel 1714, venne donata ai vari orti botanici europei, da dove si trasferì successivamente nelle Americhe. Questo è stato chiamato gruppo "Typica". Nel 1715 la Compagnia francese delle Indie orientali stabilì il caffè dello Yemen (il "Mokha") sull'isola di Riunione, dove ha cominciato a crescere considerevolmente a partire dal 1724 o 1726. È la varietà chiamata "Bourbon Coffee", che a sua volta mantiene una sua quota in America, anche se in un misura ridotta.
In secondo luogo i coltivatori di queste 2 varietà selezionarono semplicemente i mutanti spontanei in quanto i loro incroci non consentivano nuovi genotipi sufficienti data la bassa diversità genetica: di conseguenza il caffè è rimasto "puro" per oltre 3 secoli. Derivato dal "Boubon" è il "Marogogype" dai grani grossi avvistato in Brasile oppure la varietà denominata "Caturra", con un'alta produttività e facilità di raccolta.
Provengono invece dalla "Typica" la "Kent" dell'India e la "Blue Mountain" della Giamaica; quest'ultimo ha permesso i primi successi d'intensificazione della coltura, in special modo nell'America Latina. Tra i vari ibridi "Typica-Bourbon" c'è la varietà "Mondo Nuovo" brasiliana. Inoltre l'ibridazionetra la "canephora" e una delle 2 arabiche, chiamata "Arabusta", risulta essere molto raro in natura: si chiamano barriere cromosomiche.
Più tardi gli esperti di botanica impareranno a creare artificialmente per raddoppio cromosomico della canephora attraverso il trattamento di Colchicina. Nel frattempo il primo passo è stato la scoperta nel 1917 nell'arcipelago di Timor di una popolazione di arabusta selvatica detta Hdt e assai resistente alla "ruggine del caffè" la quale aveva devastato le piantagioni asiatiche negli anni 1870.
Questa prima fonte genetica differente sia da Typica che da Bourbon ha permesso d'incrociare l'arabica e creare varietà come la "Catimor" brasiliana o la "Ruiru" del Kenya. La sua scoperta ha fatto crescere la fiducia e la ricerca sul caffè selvatico, condotta nei primi decenni del XX secolo lungo il bacino del Congo e che ha condotto alla produzione della "robusta" negli anni 1930. Quest'ultima peserà al 38,6% nella produzione mondiale di caffè al principio del XXI secolo.
Il suo contenuto di caffeina, che dipende molto più dal genotipo che dai fattori ambientali, è di circa il 2,5% rispetto all'1,5% presente nell'arabica e risulta più resistente alle malattie grazie a una base genetica più diversificata. Gli esperti di agronomia la considerarono essenziale per ringiovanire e differenziare le vecchie varietà di arabica. Tra il 1960 e il 1990, sotto gli auspici della FAO, decisero di tornare alle fonti delle popolazioni selvatiche dell'Etiopia per la creazione di ulteriori varietà migliorate.
